Здравствуйте.
Цитата: Ситуация: денег по внебюджетной части хватило только на выплату ЗП работникам и не хватило на уплату налогов по ЗП.
Странная ситуация...
Допустим, по внебюджетной части имеется сумма 100000 руб. предназначенная для выплаты заработной платы. В ней уже "сидит" НДФЛ, который надо перечислить в бюджет после выплаты работникам ЗП.
"На пальцах":
Начислено заработной платы за декабрь - 100000 руб.
В момент выплаты заработной платы у каждого сотрудника необходимо удержать НДФЛ (п.4 ст.226 НК РФ). В сумме удержанный налог составит 13000 руб. (упрощенно).
Общая сумма выплаченной зарплаты = 100000-13000 = 87000, а 13000 надо перечислить в бюджет.
Иными словами, описанная Вами ситуация могла сложиться только в случае, если зарплата работникам была выплачена БЕЗ удержания налога.
Цитата: Возможно ли оплатить эти налоги бюджетными средствами?
Нет. Уплата НДФЛ за счёт средств налогового агента запрещена (п.9 ст.226 НК РФ).
Если зарплата по внебюджету была выплачена без удержания НДФЛ, налог надо удержать при следующей выплате налогооблагаемого дохода, после чего перечислить в бюджет.